Kadangkala semasa pemesinan pengaturcaraan, anda mungkin menghadapi situasi di mana sekumpulan segmen program muncul beberapa kali dalam satu atur cara, atau digunakan dalam beberapa atur cara. Kita boleh mengekstrak kumpulan segmen program ini, menamakannya dan menyimpannya secara berasingan; kumpulan segmen program ini dipanggil subrutin. Subrutin ialah segmen atur cara pemesinan yang boleh dipanggil dengan arahan kawalan alat mesin yang sesuai, dan ia biasanya mempunyai makna bebas semasa pemesinan. Program pemesinan yang mengandungi arahan untuk memanggil subrutin-peringkat pertama dipanggil program utama. Arahan untuk memanggil subrutin juga merupakan segmen program, yang biasanya terdiri daripada arahan panggilan subrutin, nama subrutin dan bilangan panggilan. Peraturan dan format khusus berbeza-beza bergantung pada sistem. Contohnya, untuk arahan yang sama "panggil nombor subrutin 55 sekali," sistem FANUC menggunakan "M98 P55.", manakala sistem AB Amerika menggunakan "P55x."
Subrutin boleh bersarang, iaitu, satu tahap di dalam yang lain. Hubungan antara peringkat atas dan bawah adalah sama seperti hubungan antara program utama dan subrutin-peringkat pertama. Bilangan maksimum tahap bersarang ditentukan oleh sistem CNC tertentu. Bentuk dan komposisi subrutin sebahagian besarnya sama dengan program utama: baris pertama ialah nombor subrutin (nama), dan baris terakhir ialah arahan "akhir subrutin", dengan badan subrutin di antaranya. Walau bagaimanapun, arahan akhir program utama menamatkan program utama dan menetapkan semula sistem CNC; arahannya diseragamkan, dengan setiap sistem menggunakan M02 atau M30. Arahan akhir subrutin, sebaliknya, menamatkan subrutin dan kembali ke program utama atau subrutin sebelumnya. Arahannya berbeza mengikut sistem; contohnya, sistem FANUC menggunakan M99, sistem Siemens menggunakan M17, dan sistem AB (A/B Amerika) menggunakan M02.
